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Al norte, el río Harlem divide la isla de Manhattan del Bronx y del territorio continental de Estados Unidos. También forman parte del distrito de Manhattan varias islas pequeñas, como Randall's Island, Wards Island y Roosevelt Island, en el East River, y Governors Island y Liberty Island, al sur, en el puerto de Nueva York. La isla de Manhattan tiene una superficie de 59 km2, 21,6 km de largo y 3,7 km de ancho en su parte más ancha (cerca de la calle 14).

Manhattan se divide a grandes rasgos en Downtown (Bajo Manhattan), Midtown (Medio Manhattan) y Uptown (Alto Manhattan), con la Quinta Avenida dividiendo los lados este y oeste de Manhattan. La isla de Manhattan está delimitada por el río Hudson al oeste y el East River al este.

El lecho rocoso que subyace en gran parte de Manhattan es un esquisto de mica conocido como esquisto de Manhattan. Se trata de una roca metamórfica fuerte y competente creada cuando se formó Pangea. Es muy adecuada para los cimientos de edificios altos y las dos grandes concentraciones de rascacielos de la isla se encuentran en lugares donde la formación está cerca de la superficie. En Central Park hay afloramientos de esquisto de Manhattan y Rat Rock es un ejemplo bastante grande.