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Hacia el norte, el río Harlem divide la isla de Manhattan del Bronx y el continente de los Estados Unidos. Varios islas pequeñas también son parte del distrito de Manhattan, incluyendo Randall’s Island, Wards Island y Roosevelt Island en el East River, y Governors Island y Liberty Island al sur en el puerto de Nueva York. La isla de Manhattan tiene 22.7 millas cuadradas (59 km²) de área, 13.4 millas (21.6 km) de largo y 2.3 millas (3.7 km) de ancho, en su punto más ancho (cerca de la calle 14).
Manhattan se divide según sus regiones en Downtown (Manhattan Bajo), Midtown (Manhattan Medio) y Uptown (Manhattan Alto), con la Quinta Avenida dividiendo los lados este y oeste de Manhattan. La isla de Manhattan está limitada por el río Hudson al oeste y el East River al este.
El lecho de roca que subyace gran parte de Manhattan es un esquisto de mica conocido como Manhattan Schist. Es una roca metamórfica fuerte y competente creada cuando se formó Pangea. Es muy apta para los cimientos de edificios altos y las dos grandes concentraciones de rascacielos en la isla ocurren en lugares donde la formación está cerca de la superficie. En Central Park, aparecen afloramientos de Manhattan Schist y Rat Rock es un ejemplo bastante grande.
